合肥工业大学警告处分会进档案。通常大学警告处分会进档案，就算撤销，也会保留警告处分和撤销处分的记录。通常情况下，大学里受到轻微的处分不会记入档案，但是如果受到的处分比较严重的话，则会被记录，比如劝退或者作弊等，而且还会在学校的教务系统上通报批评。

警告处分归入档案的危害：进国企在审查档案的时候可能不被录用；考公务员和事业单位在档案政审的时候会审查不过；部分大型民营企业在招聘员工的时候会将员工档案调入当地人才市场（民企没有人事权，只能通过人才市场调取和管理员工档案），那么在审查材料的时候可能会因为有处分材料而不予签订劳动合同。