基金会计和普通会计的区别在于性质不同。基金会计指的是政府会计及公立非营利组织会计以基金运营为基础，按照基金种类进行核算的会计模式。基金会计的主要目的是通过责任的分担，为确保基金可以正确按照组织的规定进行管理，然后出具相应的基金会计报告。

普通会计就是把企业有用的各种经济业务统一成以货币为计量单位，通过记账、算账、报账等一系列程序来提供反映企业财务状况和经营成果的经济信息。