1、大量工业废水排入巢湖，巢湖接废水污水量为五大湖之首，目前巢湖全市有大中型企业54家，有皖维高新、巢东股份、新力药业、华星化工四家上市公司。特别是上世纪90年代以前，大量工业废水未经处理直接排入巢湖。

2、生活污水的排放，大部分生活污水都是未经处理直接排入巢湖，沿湖居民每年向巢湖排放生活污水1亿多吨。

3、沿湖农田大量施用化肥、农药，经地面径流带入巢湖，使得巢湖氮氧元素超标，水体富营养化严重，水体含氧量降低，形成面源污染。

4、水土流失、湖岸崩塌带入大量泥沙，每年约沉积100余吨，增加入湖氮、磷。由于泥沙淤积，湖容积逐渐减小。

5、巢湖水封闭性大，湖水更新循环较慢，导致大量营养性污染物滞留湖内，生态环境失调，加速其富营养化进程。